在临床上有经验的医生根据B超检查，结合临床的表现一般就可以确诊，巧克力囊肿的声像图特点为圆形或椭圆形的低回声区，囊壁相对较厚，厚度基本均匀，边界往往因粘连而欠清，囊壁由于液体粘稠及血块粘附而不平，囊液透声差，内部含大量细小密集光点，而成低回声，时间较长的囊肿内可以有凝固的血块，而出现中高回声区，使内部回声不均匀，形态不规则，囊腔内还可探及纤维组织形成的光带，构成完全性或不完全性分隔，彩色多谱勒囊壁可探及阻力较高的血管。