半个多世纪前，科学家们首次在小麦胚胎和公猪精子中看到了一类奇特的DNA。通常在动植物细胞中，我们熟悉的DNA大部分就像一根根长线，通过紧密缠绕，压缩进染色体结构里。然而这种DNA，它们独立存在于染色体外，并呈现出一个个环状。因此，这些DNA就很自然地被称为染色体外的环状DNA，简称eccDNA。

后来，这类eccDNA不断在各种生物的各种组织和细胞中现身，但它们到底从哪里来的，怎么产生的，有什么用，始终是个谜团。

近日，来自哈佛大学的张毅教授带领其研究团队在顶尖学术期刊《自然》发表长文，揭开了eccDNA的起源与发生之谜，并且指出，这类奇特的DNA具有刺激先天免疫反应的功能，将可以为设计疫苗、免疫疗法等提供新的见解。

在这项研究中，科学家们首先采用了新的手段来收集和纯化这类DNA，并用纳米孔测序（nanopore sequencing）技术获取了全长eccDNA的序列，从而极大地提高了对eccDNA的理解。

▲研究团队开发了一种分三步有效富集纯化eccDNA的方法（图片来源：参考资料[1]）

使用上述方法，研究人员从小鼠胚胎干细胞中识别出了160万个独特的eccDNA，平均长度为1kb。通过详细地分析序列特征并与基因组序列进行匹配，这些DNA的来源之谜被揭开：eccDNA广泛来源于染色体基因组DNA，并且可以由来自不同染色体的基因组片段随机连接形成。

▲使用扫描原子力显微镜（SAFM），我们在癌细胞和非癌细胞里都看到了环状的eccDNA（图片来源：参考资料[1]）

根据eccDNA序列的大小、分布等特征，研究人员猜测，这些片段的产生与细胞凋亡有关。后续的一系列实验则验证了他们的猜测：当人为诱导细胞凋亡发生，可以增加eccDNA的产生，并且在产生eccDNA的过程中需要DNA连接酶Lig3的参与。

顺着这些发现，研究人员进而揭开了eccDNA的第三个谜团：它们有什么用。因为上述结果表明，eccDNA来源于凋亡细胞，由其基因组DNA片段连接产生；而以往曾有研究提示，从垂死细胞中释放的DNA可促进免疫反应，而参与先天免疫反应的一些调节因子又有优先结合DNA弯折结构的倾向。综合这些结果，研究人员猜测，环状的eccDNA可以作为免疫刺激剂。

▲eccDNA在树突细胞中诱导了200多个基因的显著表达，包括与细胞因子有关的基因（图片来源：参考资料[1]）

为验证这一猜想，研究人员在几种典型的免疫细胞中进行了测试。实验结果显示，来源于骨髓的树突细胞、巨噬细胞等对eccDNA十分敏感，极低浓度的eccDNA就可以激活这些免疫细胞，诱导出强烈的免疫反应。

此外，论文还证明了这些eccDNA作为有效的先天免疫刺激剂发挥作用，与其序列无关，而是取决于其成环的特性，并有赖于细胞质中感知DNA分子的Sting通路。

基于这些发现，研究人员对eccDNA潜在的临床意义做出了很多探讨。例如，它们很可能具有佐剂活性，应用于疫苗的设计；而eccDNA介导的免疫应答则可能与某些疾病中观察到细胞因子风暴有关，可以为设计新的疗法提供基础。

注：原文有删减

参考资料：

[1] Yuangao Wang et al., (2021) eccDNAs are apoptotic products with high innate immunostimulatory activity. Nature. Doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-04009-w