1928年6月中旬，北伐军控制了京津地区，奉系军阀撤退到关外，控制北京中央政权长达十六年之久的北洋军阀覆灭了，南京国民政府成为新的中央政府。就在这时，6月20日，原服从北洋政府的新疆督军兼省长杨增新，通电宣布改旗易帜，新疆拥护并归顺南京国民政府。

新疆是北伐军占领京津之后，第一个通电南京国民政府表示归顺的省份。这一历史事件的关键人物是杨增新。

杨增新（1864-1928），字鼎臣，汉人，云南蒙自人。清光绪十五年（1889年）中进士。以知县用签派往甘肃任职，颇有能力，政绩突出。1907年被新疆巡抚联魁调入新疆，先任阿克苏兵备道、道尹，后升任镇迪道兼提法使。1912年中华民国建立，杨增新被北京政府任命为新疆都督兼民政长。从此以后，不管杨增新的官衔名称如何变化，他始终是新疆的最高军政长官，直到1928年7月，前后长达十七年之久，可谓名副其实的“新疆王”。

杨增新为何在1928年6月选择归顺南京国民政府？这里面原因很多，大体而言，有两大主原：历史原因与现实原因。就历史原因而言，在杨增新看来，新疆是中国领土的一部分，历来重视维护国家领土完整，不允许外来势力侵犯中国主权。例如，在民国初年，哲布尊丹巴活佛在沙皇俄国支持下，于库伦宣布外蒙“独立”，并派兵进犯科布多，威胁阿尔泰特别区。杨增新认为，此举严重威胁了新疆安全，决定派兵支援科布多，保护了阿尔泰。1917年俄国十月革命后，数万被苏俄红军击溃的白俄军队及随军“难民”，进入新疆伊犁、塔城、喀什等地，杨增新严守中立政策，并开展灵活外交活动，迫使白俄败兵就范，同时与苏俄保持较为和谐的外交关系，订立平等商约。对于中央政府，杨增新始终坚持“认庙不认神”的态度。袁世凯称帝时候，杨增新表示新疆“拥戴中央”，袁氏垮台后，北京“城头变换大王旗”，中央政权屡次易主，对杨增新来说，不管主政者为何人，他都表示承认。

现实原因，是杨增新的恋栈之心。此时杨增新虽然已经年过六旬，“新疆王”也连续当了十七个年头了，但恋栈之心不减。1927年北伐战争顺利推进，杨增新就将妻儿家眷送回内地大连，已经有一旦在新疆呆不下去就去大连当寓公的念头，但“新疆王”的权位还是使他放不下。据包尔汉回忆：1928年5月间，杨增新派教育厅厅长刘文龙假道苏联去内地察看风色，后来，他看到一些北洋军阀如阎锡山等人归顺了南京，依然保持住旧日的地盘，这就加强了杨氏拖下去看看的念头。所有这些都促使了杨增新意识到，除了归顺南京政府外，没有更好的选择。

在南京国民政府方面，首先打新疆主意的其实是冯玉祥。1927年下半年，冯玉祥控制河南、陕西、甘肃等省地盘以后，就计划向新疆发展，以便控制整个西北地区。1928年2月前后，冯玉祥通过甘肃省政府主席刘郁芬派赵淼川、徐之赞两人为使者，前往迪化（今乌鲁木齐）联络杨增新，但杨氏此时对统治新疆没有什么危机感，他对冯玉祥意图染指新疆的企图也并不示弱。杨增新一方面封锁边界，一方面赶制五百架白布帐篷，架设在星星峡驻军营房附近，由此让冯玉祥觉得新疆有较多驻军。冯玉祥果然“中计”，打消直接向新疆发展的念头。但是，冯玉祥开始试图通过南京国民政府的渠道控制新疆。1928年6月5日，北伐战事甫定，冯玉祥就在河南开封致电南京中央陈请三件事情，其中之一就是希望早日解决新疆问题。

但杨增新抢先一步，他不等南京政府提出解决方案之前，抱持此前一直适用的“认庙不认神”原则，公开表态服从南京国民政府。6月16日，杨增新致电南京，表示：现在国民革命已经成功，新疆各界已经开会决议：“服从国民政府，奉行三民主义，并改组新疆省政府，一律悬青天白日旗帜，以后新疆一切善后事宜，均癝承国民政府办理，以归统一。”20日，杨增新又派教育厅厅长刘文龙亲往南京陈述一切。27日，为了进一步表明自己归顺的诚意，同时，也造成新疆省政府人事安排的既成事实，杨增新再次致电南京国民政府，表示新疆省政府已于“六月二十日组织成立，以增新、金树仁、徐谦、刘文龙、阎毓善、张正地、樊耀南、屠文沛、李溶为委员，并由增新充任主席，金树仁兼任民政厅长，徐谦兼任财政厅长，刘文龙兼任教育厅长，阎毓善兼任建设厅长、张正地兼任司法厅长，樊耀南兼任外交署长，屠文沛兼任秘书长。”

7月1日，杨增新召集地方官绅会议，正式宣布新疆归顺南京国民政府，督办公署改称新疆总司令部，由杨氏本人出任省政府主席兼总司令。4日，杨增新呈明南京政府，新疆地方行政已经将原有八道改为八个行政区，分设五十五县、十一分县，县知事改称县长。10日，南京国民政府举行第七十八次会议，决议任命杨增新为新疆省政府主席，兼理新疆边防事宜。

天有不测风云，人有旦夕祸福。事实上，在7月10日南京国民政府作出正式任命之前3天，杨增新就遇刺身亡了。身中七枪的他只留下一句“你们想干什么”便当场身亡，时年64岁。

1928年7月7日上午10时许，杨增新在新疆省立俄文法政专修学校的毕业生庆贺宴上，被当时军务厅长、外交署长樊耀南一伙人暗杀，民政厅长金树仁很快调集军警讨伐樊耀南，将其抓获，并在当晚即把樊等人处以极刑。金树仁成为新疆新的最高统治者。其实，时至今日，杨增新之死的真正原因依然是个谜。