HLA:新型HLA-A*03:44在潜在造血干细胞供体中的检测特性

时间:2023-05-04 10:26:23   热度:37.1℃   作者:网络

人类白细胞抗原(Human Leukocyte Antigen, HLA)是人类的主要组织相容性复合体(MHC),位于6号染色体上(6p21.31),包括一系列紧密连锁的基因座,是人类基因中多态性最多的基因。这种极端多态性的产生涉及的遗传机制包括重组、基因转换和点突变通过下一代测序(NGS)进行HLA高分辨率分型,可以生成完整或几乎完整的HLA基因的分阶段序列,从而可以表征HLA多态性并增加对其产生的遗传机制的理解,与人类的免疫系统功能密切相关。

目前,根据最新版本的IPD-IMGT/HLA数据库,已鉴定出7000多个HLA-A等位基因。2023年5月2日发表在HLA的文章报告了在以Vasya Perevoshchikov命名的俄罗斯联邦国家骨髓供体登记处招募的造血干细胞潜在供体的分型过程中,检测到一种新的HLA-A*03等位基因,现命名为HLA-A*03:444

HLA-A*03:44HLA-A*03:01:01外显子5 DNA序列的比较

采用QIAcube HT System自动核酸分离站,采用QIAamp 96 DNA QIAcube HT Kit从200 μL血液中分离总DNA。文库制备采用Holotype试剂盒,使用MiSeq试剂盒v.2和MiSeq仪器进行测序,采用HLA Twin v.4.1.0软件和IPD-IMGT/HLA Database version 3.37.0进行分析。

与最密切相关的等位基因A*03:01:01相比,新等位基因在第5外显子核苷酸980处 T>a(密码子303 GTC > GAC)发生了1个核苷酸变化,导致Valine编码为Aspartate。核苷酸编号通过与IPD-IMGT/HLA数据库提供的参考序列比对获得供者HLA分型为HLA-A*26:01:01, 03:444;B*07:02:01 38:01:01;C*07:02:01 12:03:01;DRB1*13:01:01 15:01:01;DQB1*06:02:01 06:03:01

新HLA-A等位基因的核苷酸序列已提交给GenBank,登录号为OL330797,并提交给IPD-IMGT/HLA数据库,登录号为HWS10060142。该序列于2022年3月被世界卫生组织(WHO) HLA系统因子命名委员会正式命名为HLA-A*03:44

 

参考文献

Andryushkina, AV, Ziyatdinova, E, Ananeva, A, Shagimardanova, EI. Characterization of the novel HLA-A*03:444 detected in a potential hematopoietic stem cell donor. HLA. 2023; 1- 2. doi:10.1111/tan.15067

 

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