奥密克戎XBB.1.5在美国高达40.5%,迅速取代BQ.1.1; BQ.1.1和XBB.1在我国占比仍然较少

时间:2023-01-03 15:03:09   热度:37.1℃   作者:网络

美国CDC每周根据基因测序的结果,公布全美不同新冠病毒亚变体的分布状况。

大家知道,目前全球新冠病毒亚变体主要分为两个谱系(都是从BA.2进化而来),一个由BA.5.2进化而来的BQ.1和BQ.1.1为主导的,此前在欧美和日本广泛流行; 另一个由BA.2.75进化,进一步与BJ.1重组而来的XBB,XBB.1.5(名称为鲲,Kraken)为主导的,此前主要在印度,新加坡等东南亚国家流行的为主。而且XBB.1.5其传播速度还超过了此前在东南亚进化出CH.1.1和CH.1.1.1这一亚变体

然而,随着两个分支进化,在免疫逃逸与传播力两个维度不断展开竞争,从目前来看,XBB.1.5目前占住绝对的领先。从本周的数据来看,XBB.1.5已占美国的新感染人数的40.5%,处于绝对领先的位置,预计还会进一步快速上升。本周CDC也修正了一些数据,并将XBB与XBB.1.5区分开来。可以看出XBB实际占比很少,仅3.6%(XBB在美国也流行了较长时间),但是XBB.1.5则是刚刚出现不久,现就占比高达40.5%,是极为惊人的。与梅斯上个月预测XBB.1.5有机会脱颖而出,十分吻合,见:奥密克戎成为百变灵猫,科学认知应该与时俱进、奥密克戎BQ.1.*已占美国总感染人数69%,XBB上升较快,已占7.2%

与此前占住主要位置的BQ.1.1相比,XBB.1.5的相对增长速度要快将近100%。而且,因为是两个不同的分支,二者之间的免疫逃逸是很强的。即此前感染过BQ.1.1也未必对XBB.1.5具有免疫力,意味着,即使刚刚感染BQ.1.1不久,也可能会二次感染XBB.1.5!

因此,从美国的数据监测来看,本轮感染,住院人数较前次微有上升,并不意味着XBB.1.5的毒性强于BQ.1.1,而是即使感染BQ.1.1对XBB.1.5的保护作用也是相对缺乏的。而从新加坡等地来看,XBB.1和XBB.1.5整个毒性是比较弱的。

有关哪些亚变体可能胜出,主要看其免疫逃逸能力和传播能力二个角度,从GISAID的数据追踪来看,能够看出不同的亚变体的传播能力高低。上周我们分析了不同亚变体,发现XBB.1.5超越了所有的亚变体,其次是XAY.2,BN.1,CH.1.1.1。见:奥密克戎BQ.1在美国达峰值,XBB上升迅猛达18.3%,国内可能呈现双峰感染状况。据估计XBB.1.5在没有免疫基础的情况下,其R0可能高达25-30,是人类发现传播最快的病毒了。

从这张图可以看出,在右上角的主要是XBB.1.5,与BQ.1.1相比,其免疫逃逸和ACE2结合力都有所上升,因此,其传播力得到放大几乎是必然的。

如果按GISAID上传的基因测序的序列来看,最新的结果如下:

从上图来看,XBB.1.5也不是不可以被挑战的。有一些潜在的新的亚变体,也令人关注,例如刚刚监测到的BQ.1.1衍生出来的DP.1 (BQ.1.1.8.1),DK.1 (BQ.1.1.7.1),BQ.1.1.2 (BE.1.1.1.1.1.2),BQ.1.1.20,都极具有传播力。另外,从CH.1.1 (BM.4.1.1.1.1)衍生出来的CH.1.1.2,CH.1.1.1,也有极强的传播能力,很可能取代刚刚流行的CH.1.1。

而且从ACE2的结合能力,以及免疫逃逸能力而来,均有不少亚变体在单项上超越XBB.1.5,意味着未来是有可能进化出,两个指标都是超强的新型亚变体。

当然,从全球来看,虽然奥密克戎进化十分复杂,但是只要体内建立了对最新亚变体的免疫作用,接下来的危害就会小很多。主要原因是两代亚变体亲缘比较近,一旦感染一种,会对下一代亚变体有较好的地保护作用,即使再感染,也绝大多数是无症状感染,即使有症状,也是十分轻微的。

我国主要流行是什么亚变体?

从官方报道来看,北方流行以BF.7为主,南方以BA.5.2为主,夹杂有XBB.1.5和BQ.1.1。最新GISAID上刚刚上传了100多个基因测序的结果,发现目前确实以BF.7,BA.5.2为主,也有少量的BQ.1.1和XBB.1,结论是相符的。

确实北方以BF.7为主,南方以BA.5.2为主,而上海则同时有BF.7,BA.5.2,XBB,BQ.1.1等多种流行株。但是,进一步发现BF.7与以前的BF.7并不相同,而是包括了ORF7a:H47Y 和 S:C1243F突变,这两个突变的存在,增强了免疫逃逸的特性,这两个突变也存在于日本流行的BF.5上。

下图为国内几个亚变体的分布趋势:

如果进一步按不同省份区分,则如下:

不过,可惜的是,国内上传到GISAID基因组序列非常少,因此,很难得到精确信息,也很难找出不同亚变体的规律。

如果XBB.1.5一旦被监测出来,可能会迅速超越其它流行株,成为最主要流行株,这样可能很多人避免在短期内出现二次感染。如果XBB.1没有广泛流行,而是BA.5.2和BA.2.75两个亚分支混合流行的话,意味着XBB.1.5广泛流行时,此前感染BA.5.2系列(包括BQ.1.1),仍然还会面临相对较重的症状。但是,BA.2.75分支感染症状相对会更轻一些(它们离XBB.1.5更近,应该有一定的交叉保护作用)。

从曹云龙教授提供的数据来看,即使是三针灭活疫苗,再进行BF.7感染,对BN.1有中度保护作用,但是对XBB.*的保护作用很弱(意味着部分人可能再感染),但是对BQ.1.*均有较高的保护作用(意味着可能会压制后续的BQ.1.1的流行),但是对后续的进一步亚变体,包括CH.1.1.1和BQ.1.1.10均只有弱的保护作用。

因此,从这里应该可以得出这样的结论,本轮感染不管是BF.7,还是BA.5.2或BN.1.3,这轮感染结束以后,大概率应该是XBB.1.5流行为主导,同时,也会夹杂有部分CH.1.1.1,BQ.1.1.*的概率较大,当然,仍然有相当的人数会出现再感染XBB.1.5,即会形成第二波小高峰,较第一波会减轻很多。主要原因:

(1)本轮有部分人感染XBB,这部分人在短期第二波不会感染;

(2)感染本轮BF.7等亚变体中,也有约1/4的人形成较强的保护作用,第二波也不会感染。

同时,考虑到XBB.1.5感染速度如此之快,第二波流行应该是紧接第一波,预计在1月底到2月初达到高峰,2月底至3月初可能就大部分消退。

经历第二波感染,就与国际整个流行的亚变体保持一致。预计到3月份,或3月底,国内整体疫情但完全趋于平稳,不会出现大规模同时感染状况,医疗 秩序将基本恢复至平稳有序。

疫苗的保护作用有几何?

当然,我们还要看到疫苗的作用。

虽然这些新的亚变体免疫逃逸能力超强,但是最新的二价mRNA疫苗的保护作用来看,即使对XBB,其保护作用相对原始株下降了25.8倍,但是仍然有较强的保护作用。预计对XBB.1.5仍然有较好的保护作用。

但是即使接种1针一价mRNA疫苗,对BQ.1.1和XBB作用十分微弱,尤其是对XBB作用几乎测不出。即使接种2针1价的mRNA疫苗,对BQ.1.1有中度作用,但是对XBB作用仍然较弱,中和抗体滴度仅37左右。意味着,一针二价mRNA疫苗加强针,优于两针1价mRNA疫苗加强针。

因此,接种高效的疫苗,仍然是重要的。

当然,不同的疫苗的保护作用不一样,近期中国也快速审批一些新的疫苗上市,但是都缺乏对XBB,BQ.1.1等新的亚变体的保护作用的相关数据。但是,部分疫苗有对BA.5的保护作用的数据。从mRNA疫苗的数据来看,疫苗对XBB产生的中和抗体的效应约为对BA.5的保护作用的1/5(相当于德尔塔要下降1/20),可以用这个数据间接衡量不同的疫苗的保护效应(当然,实际数据与间接衡量数据肯定会存在一定的偏差)。如果通过计算,中和抗体的有效滴度能达到30以上,就说明有弱保护作用,如果超过100就有强的保护作用。有兴趣的朋友,可以试着计算一下。下面是目前作为异源加强针为主的两种疫苗数据如下:

康希诺研发的雾化吸入Ad5-nCoV疫苗2期临床数据:加强接种14天时,低剂量Ad5-nCoV吸入组诱导的血清抗野生毒株中和抗体GMTs为744.4,高剂量组为714.1,而CoronaVac组仅为78.5。 作为加强疫苗,Ad5-nCoV吸入后诱导的中和抗体水平是CoronaVac组的6.7-10.7倍。接种第28天时,中和抗体水平最高,此时对德尔塔的低剂量 (278·2 [95% CI 200·1–386·9]) 和高剂量 (216·8 [153 ·7–305·7]) 。

丽珠生物的重组融合蛋白疫苗(丽康V-01)3期临床数据:受试者在三针灭活新冠疫苗基础上,第四针序贯加免丽珠生物的重组融合蛋白疫苗后14天,对BA.5的中和抗体滴度比值(与灭活苗自身加免相比)为8.5倍(136 vs. 16),是加免前的17.1 倍。详细见:Emerg Microbes Infect:丽珠生物的重组融合蛋白疫苗作为加强针明显优于灭活疫苗

从国产的mRNA相关疫苗公布的数据来看,确实优于目前的灭活疫苗,腺病毒载体疫苗,重组蛋白疫苗。期待国产的mRNA疫苗能尽早上市,以及二价mRNA疫苗能尽快审批。

参考资料:

https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions

https://cov-spectrum.org/collections/24?highlightedOnly=true

https://public.tableau.com/app/profile/raj.rajnarayanan/viz/ImmuneEscapevsACE2BindingrelativetoBA2-USA15DayTrends/Dashboard2

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/blob/master/lineage_notes.txt

https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global/6m

https://erictopol.substack.com/p/a-new-variant-alert

 

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