蛋白质作为遗传因素与环境风险致病的最终生物效应分子，能够直接反应人体内的生物学过程及病理生理变化。血浆蛋白水平的检测，特别是与遗传和表型信息相结合时，有助于了解生物学机制和疾病病因，改善疾病风险预测，并评估特定疾病药物治疗的新蛋白靶点。血浆蛋白质的相对或绝对水平可以使用不同的技术来检测，例如Olink和SomaScan平台都被用于大规模人群研究，帮助识别与血浆蛋白水平（如pQTLs）和性状（如BMI）、疾病及其进展的生物标志物相关的遗传变异。这些研究通常涉及欧洲血统人群，且仅报告了Olink和SomaScan检测的蛋白质水平之间的适度相关性，但分析蛋白质组与表型的关联对于生物标志物的发现和疾病的危险预测也很重要。因此，需要更多的研究来直接比较大量相同样本中的不同检测平台性能，以及从遗传和表型角度进行更全面的分析。

近日，牛津大学Zhengming Chen团队联合Iona Y. Millwood团队评估了蛋白质组学平台Olink Explore（抗体）和SomaScan（适配体）在中国成人大型研究中的分析性能。研究团队使用Olink Explore和SomaScan平台检测了来自中国嘉道理生物银行（CKB）中3976名中国成年人2168种蛋白质的血浆水平，进行了直接比较分析。研究结果证明了两个平台的实用性，发现各平台都有其优势，各平台间检测的蛋白质水平的相关性适度，蛋白质丰度和数据质量参数是影响相关性的关键因素。该研究成果发表在Nature Communications上。

CKB是北京大学与英国牛津大学联合开展的慢性病国际合作研究项目，也是与国际著名的UKB项目比肩的大型人群队列研究项目。研究团队对来自CKB的一项缺血性心脏病（IHD）病例亚队列研究3976名参与者的2168种蛋白质进行了直接比较分析，这些蛋白质是由Olink Explore 3072（~3000个蛋白质靶点）和SomaScan Assay v4.1（~7000个蛋白质靶点）平台检测。

图1.研究设计、分析方法及关键发现

为了数据对比，在剔除重复试剂和无映射UniProt ID的试剂后，Olink Explore 3072平台共纳入2923个reagents（映射到2923个UniProt ID），SomaScan Assay v4.1共纳入7301个SOMAmers（映射到6397个UniProt ID），最终获得2749对Olink-SomaScan试剂对，覆盖2168个蛋白。研究团队对Olink与SomaScan-non-ANML数据进行了比较。对于所有2749对Olink-SomaScan试剂，分析发现两个平台检测的蛋白质水平之间的中位数rho为0.29。当将分析限制在1694对一对一配对时，Spearman 's rho的分布类似，中位数为0.26（图2a），并分别给出了1694个一对一配对的蛋白质和474个非一对一配对的蛋白质的结果。

在1694对试剂的GWAS中，研究人员鉴定了765个（45.2%）Olink蛋白具有顺式pQTL，513个（30.3%）SomaScan蛋白具有顺式pQTL，其中400个具有共定位顺式pQTL；分别有705个（41.6%）Olink蛋白和723个（42.7%）SomaScan蛋白携带反式pQTL（图2c）。

当将分析限制在428个在两个平台上都鉴定出的顺式pQTL蛋白时，333个（77.8%）在Olink和SomaScan之间共定位。共定位顺式pQTL的蛋白具有较高的平台间相关性（中位数rho = 0.72），此外，研究发现了由于较小的等位基因频率（MAF）差异而未在其他人群中报道的pQTL。

图2.使用Olink和SomaScan平台检测1694个蛋白质的相关性、相关因素以及pQTLs的比较。

在FDR<0.05时，BMI与1096个Olink蛋白和1429个SomaScan蛋白显著相关。在Olink和SomaScan的974个BMI相关蛋白中，859个（88.2%）在平台之间显示共享关联。同样，在Olink和SomaScan之间共定位顺式pQTL的400种蛋白质中，251种（62.8%）与平台之间的BMI有共同的关联。（图3）

在FDR<0.05时，279个（16.4%）Olink蛋白和154个（9.1%）SomaScan蛋白与缺血性心脏病的发生风险显著相关。Olink和SomaScan中与缺血性心脏病显著相关的78个蛋白显示共享关联。（图3）

图3.与BMI和缺血性心脏病发生风险显著相关的蛋白质数量及其在Olink和SomaScan平台之间的效应大小。

该研究直接比较分析了Olink和SomaScan平台检测的2168种蛋白质，发现每个平台检测的血浆蛋白质水平之间有适度的相关性。Olink与SomaScan检测蛋白，在BMI和IHD风险预测中具有较高的有效性。研究团队还发现了一组在Olink和SomaScan之间表现出高度相关性和一致的遗传和表型关联的蛋白质，其跨平台可检测性可能有助于解释未来的研究结果。

论文原文：

Wang, B., Pozarickij, A., Mazidi, M. et al. Comparative studies of 2168 plasma proteins measured by two affinity-based platforms in 4000 Chinese adults. Nat Commun 16, 1869 (2025). https://doi.org/10.1038/s41467-025-56935-2