试管婴儿的成功率有一定的局限性，目前成功率约为25%-35%，需要反复治疗的患者较多。

试管婴儿，导致精子失去优胜劣汰的竞争机会，极有可能将 Y染色体微缺失遗传下去，容易造成流产、死胎、先天畸形等缺陷，孩子的健康没有保障。

如果妇女的身体没有孕育能力，如内分泌失调，黄体功能不全，有流产史等。即便试管婴儿手术成功，也有可能导致流产。

增加多胎妊娠的危险：多胎妊娠孕妇并发症多，早产发生率和围生期死亡率高，属于高危妊娠。

试管婴儿需要大量的经济投入，所以可以说其花费是极其昂贵的。

试管婴儿对后期女性的生理干扰较大。卵巢排卵受刺激而反应迟钝，易发生卵巢功能早衰，年轻女性在40岁前闭经，卵巢无敏感性综合征等。

对卵巢早衰、经期持续闭经的不育患者，也不能通过试管婴儿自己的卵受孕。

免疫原因引起的习惯性流产病人即使进行试管婴儿，也有可能引起流产。