正常核型MDS的突变谱分析

骨髓增生异常综合征(MDS)患者的临床表现和预后方面存在显著异质性，准确评估MDS患者的生存概率对临床决策具有重要意义。

分子学因素纳入传统的预后评分系统可提高预后预测性能，但这些模型往往是基于所有MDS患者或根据修订版国际预后评分系统(IPSS-R)分类的亚组构建，在确认基因的预后价值时常会忽略细胞遗传学。例如，分子学IPSS (IPSS-M)和Nazha等开发的模型包括“TP53突变”作为一个显著的不良预后因素，但TP53突变率在复杂核型MDS患者中较高(60% ~ 80%)，而在正常核型(NK)患者中较低。虽然TP53突变与复杂核型或单体核型MDS患者的不良预后密切相关，但有研究显示其在正常核型MDS患者中无预后价值。因此，整个MDS人群的预后突变谱可能并不适用于正常核型患者。

浙江大学第一医院佟红艳教授团队分析了237例初治正常核型MDS患者的基因谱，旨在探讨初治NK细胞MDS患者的基因突变频率及其对预后的影响，近日发表于《American Journal of Hematology》。

研究结果

作者纳入浙江大学附属第一医院237例初治NK MDS（WHO 2016标准）患者作为训练队列。所有患者均行治疗前检查，包括二代测序(NGS)、骨髓(BM)检查、细胞遗传学和血液学分析。对所有患者的单个骨髓细胞进行靶向NGS，基因列表包括SETBP1、U2AF1、ASXL1、CBL、CEBPA、CSF3R、DNMT3A、ETV6、EZH2、IDH1、IDH2、KRAS、NPM1、NRAS、PHF6、PTPN11、RUNX1、SF3B1、SRSF2、TP53、WT1、ZRSR2、TET2和FLT3。以IPSS-M研究中国际MDS预后工作组(IWG-PM)队列中的NK原发性MDS患者作为外部验证队列。

图1A为237例初治NK MDS患者和IWG-PM队列中691例新发NK MDS患者的基线协变量。两个队列均以男性为主。训练队列的患者较年轻(62 vs. 73岁，p<0.001)且骨髓原始细胞百分比较高(3.5 vs. 3.0，p=0.04)，血红蛋白(8.1 g/dL vs. 9.9 g/dL，p<0.001)、血小板(66X10⁹/L vs. 138 X10⁹/L，p<0.001)和中性粒细胞绝对计数(ANC) (1.2X10⁹/L vs. 2X10⁹/L，p<0.001) 较低。与这些发现一致，训练队列的IPSS-R (p<0.001)和IPSS-M (p<0.001)较低。从治疗数据来看，训练队列接受疾病改善治疗方案的患者比例高于IWG-PM队列。两队列在中位随访时间(p=0.124)和无白血病生存（LFS）事件发生率(p=0.316)方面没有显著差异。

训练队列分析了24个基因，突变频率最高的前10个基因包括ASXL1(22%)、TET2(20%)、RUNX1(13%)、SF3B1(13%)、U2AF1(11%)、DNMT3A(11%)、EZH2(7%)、ZRSR2(5%)、SRSF2(5%)和CEBPA(4%)(图1B左图)。IWG-PM队列中10个最常见的突变基因为TET2(36%)、SF3B1(30%)、ASXL1(26%)、SRSF2(18%)、DNMT3A(18%)、RUNX1(13%)、U2AF1(7%)、ZRSR2(7%)、IDH2(5%)和IDH1(4%)(图1B右图)。突变谱特征与既往研究的整个MDS人群相似。值得注意的是，在训练或IWG-PM队列中，TP53突变频率均不在前10位基因之列，这与之前未根据核型区分MDS的研究不同(图1B)。此外，生存分析表明，在训练队列(p=0.11)或IWG-PM队列(p=0.7)中，TP53突变与预后无关。

训练队列中NK MDS患者的中位OS为7.38年，而IWG-PM队列中为4.99年。单变量Cox回归分析显示，In(PLT)和血红蛋白(HB)为保护因素(分别为风险比[HR]=0.77，p=0.02和HR=0.83，p<0.001)；而年龄≥60岁(HR=2.89，p<0.001)、骨髓原始细胞高(HR=1.12，p<0.001)和8种突变(CEBPA [HR=4.97，p<0.001]，EZH2 [HR=2.4，p=0.014]，NPM1 [HR=3.11，p=0.015]，NRAS [HR=3.09，p=0.015]，RUNX1 [HR=3.05，p<0.001]，U2AF1 [HR=3.53，p<0.001]，FLT3 [HR=7.16，p=0.0066]和SRSF2 [HR=2.36，p=0.046])具有显著的负面预后影响(图1C)。除NPM1外，这12个因素的预后意义在IWG-PM队列中也一致(图1C)；NPM1的低突变率可能是造成这种差异的原因。当将LFS作为结局时，这11个特征中的大多数在两个队列中均保持显著性。有趣的是，ANC与OS和LFS无显著相关性(分别为p=0.117和p=0.608)，这在IWG-PM队列也一致(分别为p=0.58和p=0.21)。

将单变量Cox回归分析中发现的显著特征作为输入变量进行多变量Cox回归分析。以OS为终点，对于训练队列和IWG-PM队列，年龄≥60岁(HR=2.6，p=0.0011和HR=3.45，p<0.001)、血红蛋白(HR=0.86，p=0.0057和HR= 0.77，p<0.001)， In(PLT) (HR=0.77，p=0.043和HR=0.85，p=0.023)、骨髓原始细胞高(HR=1.09，p<0.001和HR=1.05，p<0.001)、FLT3 (HR=7.82，p=0.01和HR=4.01，p=0.0026)和CEBPA (HR=2.66，p=0.023和HR=2.15，p=0.076)与较差的OS独立相关。训练队列中U2AF1 (HR= 3.06，p<0.001)与较差的OS相关，而IWG-PM队列中EZH2 (HR=1.79，p=0.026)、RUNX1 (HR=1.9，p<0.001)和SRSF2 (HR= 1.46，p=0.026)与较差的OS独立相关(图1D)。当以LFS为终点时，对于两个队列，年龄≥60岁(HR=2.22，p=0.002和HR=3.15，p<0.001)、血红蛋白(HR=0.9，p=0.022和HR=0.83，p<0.001)、In(PLT) (HR=0.79，p=0.042和HR=0.85，p=0.023)及骨髓原始细胞高(HR=1.12，p<0.001和HR=1.07, p<0.001)均显示出独立的预后意义。在训练队列，U2AF1 (HR=2.07，p=0.013)仍是独立不良变量，而CEBPA (HR=2.11，p=0.054)具有与较差LFS相关的趋势。IWG-PM队列中，RUNX1 (HR=2.04，p<0.001)和FLT3 (HR: 4.24，p=0.0047)与较差的LFS独立相关。

正如预期，TP53突变也与OS和LFS无显著相关性(分别为p=0.122和p=0.111)，从而提示基因突变可能在不同的核型背景下对疾病有不同的贡献。值得注意的是，NK MDS中的TP53表现出独特的特征：突变频率低、中度VAF和罕见多打击突变。

总结

该研究在作者中心的训练队列和IWG-PM队列中评估了NK MDS的突变情况和预后意义，强调了在评估特定基因突变与MDS预后相关性时考虑染色体核型的重要性。

参考文献

Wang W, Zhang Y, Yang W,et al. Mutation landscape of normal karyotype myelodysplastic syndromes and their prognostic impact.Am J Hematol . 2023 Nov 21. doi: 10.1002/ajh.27170.